Das Konstruktionstool zu EisenbahnExe Professionell ist der Nostruktor. Mit ihm wurden alle Objekte erstellt, die in der EEP-Welt existieren. Es gibt zwei Varianten des Tools, die Vollversion für den professionellen Einsatz (freiberufliche Konstrukteure) sowie die eingeschränkte Home Edition für alle EEP-User.

Eingeschränkte Version bezieht sich jedoch nicht auf den Funktionsumfang der Software, sondern auf den festgelegten Bereich der Textur-Identnummern (1 - 200 und 2401 - 2499) der Home Edition. Es lassen sich also mit beiden Versionen qualitativ identische Ergebnisse erzielen. Im wesentlichen durchlaufen EEP-Objekte während ihrer Entstehung drei Ebenen. Die Bilder dokumentieren die verschiedenen Stufen im Nostruktor.

1. Ebene  "Konstruktion" 

Die Konstruktion stellt die grundlegende Ebene jedes Modells dar. Hier werden aus sog. Polygonen (Vielecke) die Einzelteile und kleinere Baugruppen erstellt. Beim Speichern dieser Einzelteil-Dokumente werden Dateien mit der Endung .kon erzeugt.

2. Ebene "Nostruktor"

Im Nostruktor-Modul werden die Konstruktions-Dateien zu logischen Baugruppen zusammengefügt. Es ist der erste Schritt des entstehenden Modells in die dreidimensionale EEP-Welt. Diese Dokumente werden mit der Endung .mod2 gespeichert, Voraussetzung für die dritte und abschliessende Ebene.